DNAチップを使ったSNPの型の調査方法

公開日：2016年08月17日

遺伝子検査におけるSNPの調査には、DNAチップが主に使われます。このページでは、このDNAチップを使って、SNPの型をどのように調べるかについて、紹介します。

このページの目次

一度に数十万の遺伝子のチェックが可能なDNAチップ
DNAチップを使ったSNPの型調査の原理

一度に数十万の遺伝子のチェックが可能なDNAチップ

遺伝子検査におけるSNP（スニップ：1塩基多型）の調査には、DNAチップが主に使われます。

DNAチップはDNAマイクロアレイとも呼ばれ、遺伝子の発現量を測定するために、多数のDNAプローブ^※をプラスチックやガラスの基板上に高密度に配置したものです。1つのチップで、数万～数十万の遺伝子をチェックできるようになっているため、一度に大量の遺伝子多型、SNPの解析が可能です。

※ DNAの各塩基がAはT、GはCとのみ結合することを利用して、特定のDNA配列と結合させる（ハイブリダイゼーション）ための釣り針のようなもの

なお、現在使われているDNAチップには、以下の2つの方式があるそうです。

アメリカのアフィメトリクス社（Affymetrix）が開発したGeneChip
スタンフォード大学のブラウン研究室（Patrick O. Brown）が開発したcDNAマイクロアレイ（スタンフォード型、スポット型アレイ法）

DNAチップ（affymetrix社GeneChip） affymetrix.comより

DNAチップを使ったSNPの型調査の原理

このDNAチップを使ってどのようにして、SNPの型をどのように調べるのでしょうか。簡単な図で紹介したいと思います。

1、DNAを増幅させる

PCR法などによって、装置で読み取りできる量になるまで、検査するDNAを増幅させます。

2、DNAを酵素で切断する

増やしたDNAを酵素で切断します。

3、DNAをDNAチップに流し込む

切断したDNAをDNAチップに流し込みます。

DNAチップの1マスは、数十万個以上の微細な区画に分かれていて、それぞれの区画には、短いDNAがついたビーズがたくさん並んでいます。この短いDNAは、ヒトゲノムの参照配列をもとにした、特定のSNPの前までとペアになる塩基配列を持ちます。この塩基配列と調べたいDNAの断片の塩基配列がペアを作ることで、SNP以外の部分がくっつきます。

4、塩基をDNAチップに流し込む

蛍光標識したばらばらの塩基をDNAチップに流し込みます。SNPには、A、C、G、Tそれぞれに対応した塩基がくっつきます。

5、蛍光を読み取る

SNPにどの塩基がくっついたかによって、発する蛍光の色が異なります。

ペアになる塩基の組み合わせは決まっているので、この蛍光の色を読み取ることができれば、SNPの塩基が何なのか分かります。

このような仕組みを1つのチップに数十万用意することで、一度にたくさんの遺伝子のSNPを調べることができるのです。

このページを作成するにあたり、参考にしている書籍等を紹介します。

その他の遺伝子、遺伝子検査に関する参考資料はこちら。
　参考資料一覧

あわせてよく読まれる記事

SNP（1塩基多型）とは
SNP（1塩基多型）とは、DNAの中の1つの塩基が別の塩基に置き換わったもので、ヒトゲノムでは、約300万個あるといわれています。このSNPは、人が病気になったり、体質の違いを生む要因の一つになっているのではないかと考えられています。…
シークエンサーの仕組みと「1,000ドルゲノム」時代
ヒトの全ゲノムの解読が約13年の歳月と約3500億円の費用をかけて完了したのが2003年のこと。それが今では、約10万円の費用をかければ1日足らずで済むほど、ゲノム解析の技術革新が進んでいます。…
DTC遺伝子検査の流れ、方法
DTC遺伝子検査のステップは、おおむね「キットの購入」「検体の郵送」「DNAの解析」「結果通知」という流れです。最終的に検査結果が手元に届くまでの期間は、おおむね数週間～2か月程度です。…

サイト内検索